这下福建巡抚陈子贞就彻底坐不住了，之前福建海商因为福建沿海海盗肆虐就曾联名向福建巡抚衙门抗议，说福建水师不作为，不能保境安民，致使沿海海盗肆虐，现在荷兰人把澎湖列岛给占了，还公然抢掠沿海中国渔船和商船，他要再坐视不理，一旦朝廷知道了，他这个巡抚位子就不稳了。
所以陈子贞责令福建水师总兵俞咨皋赶紧出战，把荷兰人从澎湖列岛赶走。俞咨皋是抗倭名将俞大猷之子，但却并非名将就能出虎子，俞咨皋非但没有继承俞大猷的勇猛善战，德行也不怎样，在原本历史时空俞咨皋还曾在1627年在福建铜山围剿郑芝龙，结果却被郑芝龙杀得大败，只身逃走的俞咨皋后来被朝廷问罪斩首。
连郑芝龙都打不过，就更别提对上船坚炮利的荷兰人了，俞咨皋率领福建水师战船六十余艘战船，士兵八千余人出海，还没到澎湖列岛就遭到了荷兰战列舰的迎头痛击，大溃而逃，最终俞咨皋只带着二十余艘战船和不到三千士兵逃回厦门，从此避而不战！
而打了胜仗的荷兰人越发嚣张，先是派战列舰封锁漳州出海口，后来更是直接攻击厦门港，击沉厦门港内停泊的商船战船共计八十余艘（这是历史真实发生的数据），荷兰人的嚣张气焰和暴行引起了福建百姓的极度愤慨，他们联名向福建巡抚衙门请愿，请求福建巡抚衙门向东蕃求援，请郭致远出山，抗击荷兰人！
陈子贞之前因为郭致远冲冠一怒为红颜在福州打了周王世子朱恭枵的事险些丢了巡抚的官帽，花了大把银子才保住位置，自然是对郭致远恨得咬牙，打定主意这辈子绝不再和郭致远这个“祸害”往来，可这次他想不联络郭致远也不行了，再让荷兰人这么横行下去他这个巡抚位置又要保不住了！
所以陈子贞只能厚着脸皮给郭致远去信，请他出山率领东蕃海军将荷兰人从澎湖列岛赶走，郭致远给陈子贞回了信，和之前回复那些海商的话一模一样，陈子贞也知道郭致远说的是实情，只得给朝廷上奏折请万历皇帝下旨“夺情”让郭致远“在官守制”，好率领自新军对抗荷兰人，稳定福建沿海局势。
朝廷那边还在为选来东蕃接替郭致远的人选争论不休，接到陈子贞的奏报也傻了眼，辽东这边局势还没完全稳定下来呢，怎么南边海上又打起来了？朝臣的意见也分为了两派，一派说应该下旨“夺情”让郭致远“在官守制”出山抗击红夷（荷兰人红头发比较多，所以称红夷），一派说难道离开他郭致远就没人能大战了？应该另外委派大员调集沿海其他省份水师抗击红夷，两派争执不下，最终只能请万历皇帝定夺了。
万历皇帝也不想下旨“夺情”让郭致远“在官守制”，好不容易有这么个削去郭致远权力的机会怎么能让郭致远留下来继续壮大势力呢，于是下旨让南澳总兵沈有容带兵支援福建，将荷兰人从澎湖列岛赶走，不过他也没把事做绝，没有再急着确定去东蕃接替郭致远的人选，打算等沈有容和荷兰人交战的战报来了再定。
沈有容虽然曾在郭致远麾下效力，也知道郭致远的苦衷，但他向来是国家民族大义为先，自然不可能不出战，所以接到圣旨以后马上率领南澳总兵府战船六十艘，士兵六千余人，另收集了大小渔船百来艘从南澳赶往福建沿海参战！
不过沈有容也知道仅凭他手头的兵力和战船是难以打败船坚炮利的荷兰舰队的，所以来之前先给福建水师总兵俞咨皋去了信，约定时间，让俞咨皋率福建水师从厦门港出发，夹击封锁漳州出海口的荷兰舰队！
沈有容不愧是当世名将，他深知敌方和己方的优劣势，所以把约定夹击的时间定在了晚上，这样便能限制荷兰战舰的火力优势发挥。
荷兰人派了十艘战列舰封锁漳州出海口，福建水师的不堪一击也让他们麻痹大意了，根本没想到有人敢夜袭他们，到了约定的时间，沈有容军率先向荷兰人的舰队发动攻击，俞咨皋的福建水师见到火光也按照约定对荷兰人发动了夹击，荷兰人被打了个措手不及，只能仓促应战。
不过荷兰人能成为海上霸主，军事素质也是不差的，虽然被打了措手不及，但马上调整过来，利用其强大的火炮优势展开还击，这个时候令沈有容意想不到的事情发生了，俞咨皋率领的福建水师在被荷兰战列舰的火炮击沉两艘战船之后就开始溃逃，留下沈有容军独自与荷兰舰队作战！
沈有容被俞咨皋军的一战即溃气得差点吐血，不过他并没有退却，依旧指挥部下英勇作战，下令点燃搜罗来的那一百多艘渔船，充作火船向荷兰人的舰队发动“火海战术”，荷兰人见到铺天盖地蜂拥而来的一百多条“火船”也惊呆了，荷兰人在欧洲战场从未见过的这样的打法，所以一下子被打蒙了！
而且沈有容在发动夜袭时特意选的上风口，火船体积又小，荷兰人的火炮很难准确命中，“火船”如乘风之箭，直袭荷兰人的舰队，荷兰人的战列舰体积庞大，根本无法躲闪，加上火船上还有挂钩，一旦逼近敌方的战舰，火船上的敢死队士兵就会用挂钩勾住敌方的战舰，让敌方战舰无法摆脱，敢死队士兵则会跳下海里，利用良好的水性，拿着随身携带的铁凿去凿沉敌方的战舰。
不过因为狡猾的荷兰人摆出的是荷兰战舰居中，海盗战船四周拱卫的防御阵型，所以沈有容的“火海”战术并未能尽全功，被火船勾中的多是海盗战船，只有两艘荷兰人的战列舰被火船勾住，其他八艘战列舰则利用其庞大的体积冲出了沈有容军的包围圈！